Instytut prowadzi kształcenie studentów specjalności "Kryptologia" na kierunku "Informatyka" . Jest to jedyna specjalność w Polsce i druga w Europie. Od 1997 r. profilowana przez IMiK – na podstawie decyzji Ministra Obrony Narodowej). W latach 1997-2011 specjalność tę ukończyło broniąc prace dyplomowe 146 studentów. W bieżącym roku przygotowywanych jest około 20 kolejnych prac. Obecnie mamy ponad 40 studentów. Absolwent specjalności „Kryptologia” jest przygotowany do pracy w dziedzinie ochrony i bezpieczeństwa danych w systemach informatycznych.

Studia na tej specjalności obejmują m. in.:

• matematyczne podstawy kryptologii
• projektowanie algorytmów szyfrowania i ich kryptoanalizę
• implementacje sprzętowe algorytmów kryptograficznych
• akredytację i certyfikację urządzeń i pomieszczeń
• zastosowania kryptologii

Absolwent specjalności "Kryptologia" jest przygotowany do pracy w dziedzinie ochrony i bezpieczeństwa danych w systemach informatycznych.
W latach 1997 – 2010 wypromowano łącznie 100 prac dyplomowych z zakresu kryptologii,w bieżącym roku przygotowywanych jest około 20 kolejnych prac.